เหตุการณ์ในช่วงการเลือกตั้ง

• 3 พรรคฝ่ายค้าน ประชาธิปัตย์,ชาติไทย,มหาชน คว่ำบาตรการเลือกตั้ง โดยไม่ส่งผู้สมัครรับเลือกตั้งลงแข่งขัน
• รศ.ดร.ไชยันต์ ไชยพร หัวหน้าภาควิชาการเมืองการปกครอง คณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฉีกบัตรเลือกตั้งต่อหน้าสื่อมวลชน แสดงแนวทางการดื้อแพ่ง
• นายยศศักดิ์ โกศัยกานนท์ อาจารย์คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิต ใช้ไม้จิ้มฟันแทงที่นิ้วหลายครั้งและนำเลือดมาใช้ในการ กาบัตรเลือกตั้งและยืนยันว่าเป็นการผิดกฎหมาย ในเขตลาดพร้าว เพื่อเป็นการแสดงแนวทางอารยะขัดขืน แบบหนึ่ง

ปัญหาในการเลือกตั้ง

• ผู้สมัครจำนวนหลายสิบเขต ได้คะแนนน้อยกว่าคะแนนไม่เลือกใคร แต่ได้รับเลือกด้วยเกณฑ์ร้อยละยี่สิบ และเกณฑ์กรณีมีผู้สมัครมากกว่าหนึ่งคน
• คูหาเลือกตั้งหันหลังออก ทำให้เกรงว่าอาจจะทำให้สามารถมองเห็นการลงคะแนนได้โดยง่าย
• มีการร้องเรียนว่า ที่หน่วยเลือกตั้งไม่มีปากกาเพียงพอ และบางหน่วยเตรียมไว้ให้เพียงตรายางสำหรับประทับ
  • เดิม กกต. ให้ใช้เฉพาะตรายาง ต่อมาได้มีการร้องเรียนไปยังศาลปกครองเป็นกรณีเร่งด่วน และศาลมีคำสั่งกำหนดมาตรการหรือวิธีการคุ้มครองเพื่อบรรเทาทุกข์ชั่วคราวให้สามารถใช้ได้ทั้งปากกา และตรายางประทับ คำสั่งศาลปกครอง
• มีการนำรายชื่อผู้สมัครไปติดไว้ในคูหาเลือกตั้ง
• มีบัตรเสียจำนวนเพิ่มขึ้นจากการเลือกตั้งครั้งที่แล้วอย่างผิดปกติ โดยเฉพาะบัตรเสียในบัตรเลือกตั้งแบบแบ่งเขต

ผลการเลือกตั้ง

คณะกรรมการการเลือกตั้ง ประกาศผลการเลือกตั้งอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 12 เมษายน 2549 ดังนี้

• การใช้สิทธิเลือกตั้งระบบบัญชีรายชื่อ (ปาร์ตี้ลิสต์)
  จำนวนผู้มีสิทธิเลือกตั้ง 44,909,562 คน
  จำนวนผู้มาใช้สิทธิเลือกตั้ง 29,088,209 คน (64.77%) แยกเป็น
  • บัตรเสีย 1,680,101 ใบ (คิดเป็น 5.78%)
  • ไม่ประสงค์ลงคะแนน (โหวตโน) 9,051,706 คน (คิดเป็น 31.12%)
  • แยกรายพรรค 18,356,402 คะแนน
    • พรรคไทยรักไทย 16,420,755 คะแนน (คิดเป็น 56.45%)
    • พรรคเกษตรกรไทย 675,662 คะแนน
    • พรรคพลังประชาชน 305,015 คะแนน
    • พรรคประชากรไทย 292,895 คะแนน
    • พรรคธัมมาธิปไตย 255,853 คะแนน
    • พรรคไทยช่วยไทย 146,680 คะแนน
    • พรรคพัฒนาชาติไทย 134,534 คะแนน
    • พรรคแผ่นดินไทย 125,008 คะแนน

• การใช้สิทธิเลือกตั้งแบบแบ่งเขตเลือกตั้ง
  จำนวนผู้มีสิทธิเลือกตั้ง 44,778,628 คน
  จำนวนผู้มาใช้สิทธิเลือกตั้ง 28,998,364 คน (64.76%) แยกเป็น
  • บัตรเสีย 3,778,981 ใบ (คิดเป็น 13.03%)
  • ไม่ประสงค์ลงคะแนน 9,610,874 คน (คิดเป็น 33.14 %)
  • แยกรายพรรค 15,608,509 คะแนน

หมายเหตุ ข้อมูลส.ส.แบบระบบบัญชีรายชื่อ 399 เขต (ขาด สมุทรสาคร เขต 3) ขณะที่ข้อมูลส.ส.แบบแบ่งเขต 398 เขต (ขาด นนทบุรี เขต 3 และ สมุทรสาคร เขต 3) และการใช้สิทธิเลือกตั้งบัญชีรายชื่อมากกว่าแบบแบ่งเขต เพราะ จ.นนทบุรี เขต 3 มีการเลือกตั้งเฉพาะส.ส.บัญชีรายชื่อ

ข้อวิจารณ์การทำงานของคณะกรรมการการเลือกตั้ง

• การประชุมกำหนดการเลือกตั้ง 2 เมษายน 2549 น่าจะไม่ชอบ เกี่ยวกับองค์ประชุม ที่กำหนดในพรบ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการเลือกตั้ง 2540 มาตรา 8 ระบุเรื่องการประชุมให้มีไม่น้อยกว่า 4 ใน 5 ของเท่าที่มีอยู่ แต่ในวันที่ประกาศ พรฎ นั้น กรรมการ กกต. มีจำนวนเพียง 3 คน จากที่มีอยู่ 4 คน (กกต. จะต้องมี 5 คนตามรัฐธรรมนูญ แต่ มีกรรมการ 1 คนเสียชีวิตเมื่อ พย.2548 ยังไม่มีการสรรหาเพิ่ม, และขณะนั้น 1 คนเดินทางไปต่างประเทศ)
• กำหนดให้มีการเลือกตั้งใหม่ใน 40 เขตในวันที่ 23 เมษายน 2549 โดยเปิดรับผู้สมัครใหม่เมื่อวันที่ 8-9 เมษายน แต่ให้ผู้ที่เคยสมัครในการเลือกตั้งรอบแรก ใช้หมายเลขเดิม
• เปิดโอกาสให้ผู้สมัครเวียนเทียนสมัคร โดยผู้สมัครที่ขาดคุณสมบัติในเขตการเลือกตั้งหนึ่ง และแพ้การเลือกตั้งในวันที่ 2 เมษายน และทาง กกต.ยังไม่ได้รับรองการเลือกตั้ง สามารถย้ายไปลงสมัครที่เขตอื่น จังหวัดอื่นได้ ทั้งนี้ผู้อำนวยการเขตเลือกตั้งได้ตัดสิทธิ์ของผู้สมัครเหล่านี้ แต่กลับมีหนังสือเวียนโดยนายวาสนา เพิ่มลาภ ประธาน กกต. แจ้งให้รับสมัครได้
• เปิดโอกาสให้ผู้สมัครที่ขาดคุณสมบัติในการเลือกตั้งวันที่ 2 เมษายน เนื่องจากไม่ได้ไปใช้สิทธิ์เลือกตั้งครั้งก่อนหน้า ลงสมัครรับเลือกตั้งในวันที่ 23 เมษายน ได้ โดยอ้างว่าได้รับสิทธิ์คืนมา เนื่องจากไปใช้สิทธิ์เลือกตั้งในวันที่ 2 เมษายน แล้ว
• เปิดโอกาสให้ผู้สมัครที่ขาดคุณสมบัติในการเลือกตั้งวันที่ 2 เมษายน เนื่องจากเป็นสมาชิกพรรคการเมืองไม่ครบ 90 วัน นับถึงวันรับสมัครรอบแรก ลงสมัครรับเลือกตั้งในวันที่ 23 เมษายนได้ เนื่องจากเป็นสมาชิกพรรคการเมืองครบ 90 วัน ในวันรับสมัครรอบที่สอง วันที่ 8-9 เมษายน แล้ว